Ngày 17-6-2005, Ban chấp hành Trung ương Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam nhiệm kỳ V đã tổ chức phiên họp toàn thể lần thứ nhất để bầu các chức vụ lãnh đạo của Hội. Hội đã nhất trí bầu: 

Chủ tịch:                        Gs. Phan Huy Lê 

Phó Chủ tịch:               - Gs. Đinh Xuân Lâm 
                                      - PGS.TS. Phạm Mai Hùng 
                                      - PGS.TS. Phan Xuân Biên 

Tổng Thư ký:                   Ông Dương Trung Quốc 
Phó Tổng thư ký:           - PGS.TS. Nguyễn Văn Nhật 
                                      - PGS.TS. Đỗ Bang 
                                      - TS. Nguyễn Thị Hậu 

Ban Tổ chức và Hội viên:  Ông Trịnh Dương – Trưởng Ban 
          Các uỷ viên:              Ông Huỳnh Văn Đảm, Phan Đình Nham

Ban Kiểm tra:                     Ông Đỗ Văn Thuyết – Trưởng Ban 
          Các uỷ viên:               Bà Đỗ Nguyệt Hương, TS. Bùi Xuân  

Ban Khoa học:                   GS.TS. Nguyễn Quang Ngọc – Trưởng Ban 
                                          TS. Lâm Thị Mỹ Dung – phó Trưởng Ban

Ban Hợp tác – Quốc tế:      Ông Đào Hùng 
Văn phòng Trung ương Hội:    Bà Hoàng Phương Trang